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戦が待ち受けているが、『ロックマン』と同じく順番に戦っていくという仕組みになっている。 2010年、幾度もメガマン（ロックマン）に敗れたワイリーは、高性能ロボットのCRORQを利用して世界中のあらゆるロボットを意のままに操るようになり、世界征服の野望に乗り出すのであった。 ロックマンシリーズ#登場キャラクターも併せて参照のこと。